הנותרים התארגנו לנסיגה בנקודת הכינוס, בפיקודו של סגן מפקד הפעולה, דולינסקי. למקום נקבצו 28 לוחמים. לאחר סריקת אזור גשר-הרכבת, במהלכה לא נמצאו ניצולים נוספים מהפיצוץ, פתח הכוח בתנועה מזורזת לעבר קיבוץ מצובה. התוכנית המוקדמת קבעה שבעת הנסיגה יתפצל הכוח לשתי קבוצות (הקבוצה השנייה אמורה הייתה לסגת לקיבוץ געתון). אולם לנוכח אובדן הלוחמים וארבעת הפצועים שהיו בכוח, החליט דולניסקי לוותר על הפיצול ולסגת במהירות ליישוב הקרוב ביותר.
בהגיע הכוח הנסוג למצובה, זכו הפצועים לטיפול רפואי. 17 לוחמים, ובכללם זהרה לביטוב שאיבדה לזמן מה את ראייתה, ושלמה, שנפצע ברגלו, נותרו בין חברי המשק. 11 לוחמים נוספים, ביניהם דולינסקי ושני פצועים קל, יוסף גדרון ויעקב ר. (צ'ולי), המשיכו לקיבוץ חניתה. שני הפצועים הובאו אל מערת גיר קטנה, וחבר מחניתה הופקד על הטיפול בהם. יתר התשעה נלקחו למערה אחרת סמוכה לחניתה, והסתתרו בה יומיים תמימים.
עם שחר הגיע למצובה חיים מייצנר כשהוא פצוע בצווארו ובבטנו: כשעה לאחר שהתעלף, עם פיצוץ הגשר, התעורר ועשה את דרכו בשארית כוחותיו לקיבוץ. בחלוף שעתיים מהפיצוץ הטילו אנשי ביטחון בריטים מצור על מצובה. הם עצרו את מייצנר ולאחר שהחלים מפצעיו העבירוהו לבית הסוהר בלטרון.
נפילת 14 לוחמי הפלמ"ח עוררה הד רב ביישוב. הקשיים באיתור גופות הנופלים הגבירו את עוצמת הזעזוע. בגלל אובדן האנשים לא נפגע גשר הכביש בנחל אכזיב, והוא היה הגשר היחיד אשר נותר על תילו בין הגשרים שהותקפו ב"מבצע מרכולת".